近年來(lái)新一代測(cè)序技術(shù)的研發(fā)和應(yīng)用，極大地推動(dòng)了基因組科學(xué)的發(fā)展，也給基因組數(shù)據(jù)分析帶來(lái)巨大的新挑戰(zhàn)。第三版對(duì)前兩版原有內(nèi)容做了大量更新和補(bǔ)充，《dna和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具（第三版）》17章，分別從基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)三個(gè)層次詳細(xì)介紹了常用的基因數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)絡(luò)工具；為適應(yīng)windows7的環(huán)境，將bioperl程序包的數(shù)據(jù)分析做了重排使其更易操作。尤其是增添了新一代測(cè)序數(shù)據(jù)分析實(shí)例，包括snvs和indel識(shí)別、小rna-seq分析、枯草桿菌全基因組序列拼接；并對(duì)bowtie等讀序列定位工具和ucsc瀏覽器的使用做介紹�！禿na和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具（第三版）》內(nèi)容深入淺出、圖文并茂。書中提及的各種方法均有充實(shí)的例證并附上相關(guān)數(shù)據(jù)和圖表，供讀者理解和參考；書后還附有中英文的專業(yè)術(shù)語(yǔ)和詞匯�？勺鳛閷�(duì)基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、生物信息學(xué)感興趣的本科生、研究生和研究人員學(xué)習(xí)、研究的重要工具手冊(cè)。
薛慶中等編著的《dna和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第3版)》分8章。第1章闡述序列比較的核心方法，即運(yùn)用blast和clustalx等工具做序列比對(duì)。第2章重點(diǎn)介紹了核苷酸序列分析工具，主要包括：基因預(yù)測(cè)、編碼區(qū)結(jié)構(gòu)分析、可變剪切分析、預(yù)測(cè)基因啟動(dòng)子等。第3章蛋白質(zhì)氨基酸序列分析從搜索數(shù)據(jù)庫(kù)開始，隨后對(duì)蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域和三維空間結(jié)構(gòu)、預(yù)測(cè)目標(biāo)蛋白的生物功能等工具進(jìn)行逐一介紹。第4章使用tm4軟件可實(shí)現(xiàn)芯片的數(shù)據(jù)采集，低質(zhì)量過(guò)濾，標(biāo)準(zhǔn)化處理。第5章簡(jiǎn)介geneontology和kegg數(shù)據(jù)庫(kù)，將分別有助于挖掘基因和蛋白的功能及其代謝途徑分析。第6章介紹分子進(jìn)化遺傳分析工具包，用mega4繪制系統(tǒng)發(fā)生樹，為研究基因進(jìn)化打好基礎(chǔ)。第7章利用x！tandem軟件鑒定蛋白質(zhì)的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)，再將質(zhì)譜結(jié)果匹配到蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)鑒定出蛋白，并借助tpp軟件包進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，優(yōu)化檢索結(jié)果。第8章介紹cytoscape系統(tǒng)生物學(xué)分析軟件，展示蛋白－蛋白相互作用，并實(shí)現(xiàn)與基因表達(dá)等數(shù)據(jù)有機(jī)整合。書后附有專業(yè)詞索引。
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