本書在撰寫中仍然采用了1994年《山東通史》的編寫體例，并在原來綜述、典志、人物傳三個部分基礎(chǔ)上增加了前言部分。綜述改為通紀，主要將發(fā)生在這一時期的重大事件，用編年體和紀事本末體相結(jié)合的形式加以論述，體現(xiàn)山東明清時期歷史發(fā)展的特征；典志則是以政書體的形式分別從不同層面研究明清時期的山東，以彌補通紀與列傳不能容納的史實；列傳則是對明清有影響的山東籍各領(lǐng)域代表人物，視其重要性分為專傳、合傳、類傳等，對山東有影響的非山東籍人物，其事跡主要體現(xiàn)在通紀和典志中。
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