因?yàn)楸Ａ_出走，留下兩個(gè)小孩，所以只好由厄莉婭出任攝政女王，她和鄧肯結(jié)了婚。因?yàn)橥菩协h(huán)境改造政策，弗雷曼人在沙丘上建了許多蓄水池，并且在里面養(yǎng)食肉魚(yú)。這樣沙蟲(chóng)的幼體沙鮭就沒(méi)辦法進(jìn)來(lái)吸水，沙蟲(chóng)活動(dòng)的范圍也越來(lái)越少，漸漸出現(xiàn)了一些綠洲，生存環(huán)境也不再像以前那樣惡劣了。
第三部《沙丘之子》一開(kāi)始，厄拉科斯上突然出現(xiàn)了一個(gè)瞎子傳教士。人們傳說(shuō)自我流放到沙漠的保羅回來(lái)了，這個(gè)傳教士就是保羅。傳教士的活動(dòng)威脅了厄莉婭的統(tǒng)治，厄莉婭下令要逮捕傳教士，卻因?yàn)閭鹘淌康淖冯S者太多而成為一紙空文。
這時(shí)候杰西卡也從老家卡拉丹來(lái)到厄拉科斯，因?yàn)樗?tīng)說(shuō)厄莉婭的意識(shí)已經(jīng)被她的外祖父哈克南男爵占據(jù)。這里解釋一下，哈克南男爵也在姐妹會(huì)的配種計(jì)劃里，曾經(jīng)有BG取得他的基因生下一個(gè)女兒，然后交給姐妹會(huì)培養(yǎng)長(zhǎng)大，就是杰西卡。男爵是杰西卡的父親，也就是厄莉婭的外祖父。厄莉婭生下來(lái)就有所有祖先的記憶，其中就包括男爵的記憶。這些記憶互相打架，最后男爵占了上風(fēng)，控制了厄莉婭。
杰西卡一到沙丘就處理了一批忠于厄莉婭的手下，還派了哥尼·哈萊克去找弗雷曼走私販調(diào)查傳教士的事情。當(dāng)年厄崔迪家族一敗涂地之后，哥尼曾經(jīng)做過(guò)一段時(shí)間走私販。
雷托和甘尼瑪一起來(lái)到他們兩個(gè)人的秘密基地，分別讓意識(shí)里保羅的記憶和契尼的記憶控制他們的身體，這樣不必借助香料就可以預(yù)見(jiàn)未來(lái)。于是雷托得知保羅會(huì)去迦科魯圖，而自己必須走上“金色通道”，才能使人類(lèi)得救。
然后他們還想問(wèn)怎樣才能避免重蹈厄莉婭的覆轍，保羅回答說(shuō)，沒(méi)辦法。之后雷托請(qǐng)求保羅代替他控制自己的肉體，也就是說(shuō)讓自己變成保羅。這里作者大力渲染了保羅的意志力有多強(qiáng)大，才能抵抗住這種誘惑�？赡芩吮Ａ_還沒(méi)死這件事，如果雷托變成保羅，那么將會(huì)同時(shí)存在兩個(gè)保羅，不知道這算不算bug。
不過(guò)，沒(méi)在雷托身上發(fā)生的事，在甘尼瑪身上發(fā)生了。死去的契尼不想離開(kāi)甘尼瑪?shù)纳眢w，雷托軟硬兼施，好一通嘴遁才說(shuō)服老媽放棄霸占自己女兒的身體的想法。
話說(shuō)，姐妹會(huì)一直也想得到兩兄妹的基因，他們希望兩個(gè)人能夠配種，然后生出一個(gè)孩子，姐妹會(huì)就可以偷偷帶走然后加以利用。雷托和甘尼瑪為了避免這種事情發(fā)生的可能，兩個(gè)人決定分開(kāi)行動(dòng)。
當(dāng)年帕迪沙皇帝沙達(dá)姆四世的大女兒伊勒瑯公主嫁給保羅做了帝國(guó)的皇后，他還有個(gè)二女兒文希亞跟著他一起被流放到監(jiān)獄星球薩魯撒·塞康達(dá)斯。文希亞公主生下一個(gè)兒子法拉肯，就想將來(lái)讓法拉肯做上皇帝寶座，于是訓(xùn)練了兩只老虎，用來(lái)刺殺雷托和甘尼瑪。具體方法就是給老虎喂穿著特制衣服的小孩，然后把這種衣服進(jìn)貢給雷托和甘尼瑪。但是，這些都是瞞著法拉肯做的。
自從杰西卡來(lái)到厄拉科斯之后，受到各大部落的擁戴，還總是跟厄莉婭作對(duì)。厄莉婭終于下決心要除掉自己的親媽?zhuān)?dāng)然，也可以說(shuō)是親爹想弄死自己的親女兒，因?yàn)榇藭r(shí)的厄莉婭實(shí)際上是哈克南男爵。
厄莉婭請(qǐng)杰西卡代替自己主持朝會(huì)，她事先安排了殺手，正好前來(lái)請(qǐng)?jiān)傅氖侵矣诮芪骺ǖ母ダ茁宜狸?duì)，于是護(hù)送杰西卡安全逃走。隨后遇到厄莉婭的丈夫鄧肯，他在這里是多重間諜。首先，厄莉婭派鄧肯把杰西卡綁架到薩魯撒·塞康達(dá)斯，好嫁禍給她妹妹文希亞。然而，鄧肯也早覺(jué)察到厄莉婭有問(wèn)題，于是聽(tīng)從了傳教士的安排，將計(jì)就計(jì)，要把杰西卡帶到薩魯撒·塞康達(dá)斯去用貝尼·杰瑟里特的方式訓(xùn)練法拉肯。杰西卡是聽(tīng)了雷托的預(yù)測(cè)，將計(jì)就計(jì)，就跟鄧肯走了。
另一邊，雷托和甘尼瑪躲在一個(gè)狹小的山洞里等待老虎的出現(xiàn)，甘尼瑪被抓傷，但他們還是成功殺死了老虎。然后按照計(jì)劃，兩個(gè)人從此分道揚(yáng)鑣。雷托去找傳說(shuō)中的迦科魯圖，甘尼瑪自我催眠讓自己相信雷托已經(jīng)被老虎吃了，并且?guī)е莫?dú)自回去，以防面對(duì)厄莉婭時(shí)露出破綻。
雷托遇刺，傳聞?wù)f是文希亞綁架了杰西卡，這讓法拉肯很生氣。他決定放逐母親文希亞，來(lái)平息輿論。同時(shí)杰西卡也答應(yīng)澄清自己并沒(méi)有被綁架，還同意讓法拉肯娶甘尼瑪，然后做帝國(guó)的皇帝。
在厄拉科斯的犧牲日這一天清晨，傳教士再次出現(xiàn)在厄莉婭神廟的廣場(chǎng)上。他發(fā)表了與穆阿迪布教義完全相反的演說(shuō)。穆阿迪布靠預(yù)言統(tǒng)治帝國(guó)，相信一切都是確定的，但是傳教士卻說(shuō):“人必須永遠(yuǎn)選擇不確定性，遠(yuǎn)離確定性。”厄莉婭認(rèn)出了傳教士就是保羅。
雷托在沙漠里一連走了好幾天，終于來(lái)到迦科魯圖。哥尼·哈萊克也在這里，他和這里的部落首領(lǐng)一起控制了雷托，并且強(qiáng)行給雷托注射了香料。部落首領(lǐng)是厄莉婭的人，厄莉婭早就想給雷托和甘尼瑪使用香料了。因?yàn)檫@兩兄妹是目前為止唯二不靠香料就能預(yù)測(cè)未來(lái)的人類(lèi)，厄莉婭想看看香料會(huì)在他們身上發(fā)揮什么樣的效果。哥尼本來(lái)是杰西卡派來(lái)調(diào)查傳教士的，部落首領(lǐng)騙他給雷托使用香料是杰西卡的命令。
果然，在香料的作用下雷托開(kāi)始進(jìn)化，當(dāng)然也多虧有保羅強(qiáng)大的記憶全程護(hù)持，雷托終于打通任督二脈，讓自身的過(guò)去記憶和未來(lái)預(yù)知形成了統(tǒng)一的整體，開(kāi)了天眼。
部落首領(lǐng)派自己的女兒負(fù)責(zé)看守，雷托看到未來(lái)的自己會(huì)跟她相愛(ài)，果斷避開(kāi)了這條時(shí)間線，趁機(jī)逃走，于是這個(gè)女人在小說(shuō)里再?zèng)]出現(xiàn)過(guò)。。
沙達(dá)姆家族提出聯(lián)姻請(qǐng)求，甘尼瑪因?yàn)樽晕掖呙邔?duì)雷托之死深信不疑，堅(jiān)決不同意嫁給法拉肯，并說(shuō)會(huì)親手殺掉法拉肯。厄莉婭覺(jué)得殺了也沒(méi)什么不好，就先替甘尼瑪答應(yīng)下來(lái)。鄧肯也被送了回來(lái)，厄莉婭居然要除掉自己的丈夫。于是派他去找斯第爾格，安排人在路上制造事故。鄧肯發(fā)現(xiàn)不對(duì)勁，劫持了一架撲翼機(jī)逃脫，自行去找斯第爾格。厄莉婭眾叛親離，只有斯第爾格還保持中立。鄧肯故意激怒斯第爾格，被他殺死。斯第爾格殺了厄莉婭的丈夫，沒(méi)辦法繼續(xù)保持中立，于是帶著甘尼瑪一起逃走。
雷托來(lái)到一個(gè)走私沙蟲(chóng)的部落，他在這里讓沙鮭覆蓋身體，和自己的皮膚融為一體，形成活的蒸餾服。這讓他的身體機(jī)能大幅提高，同時(shí)獲得超長(zhǎng)的壽命。雷托繼續(xù)他的“金色通道”之路，四處破壞蓄水池，阻止沙丘生態(tài)的轉(zhuǎn)變。但是為時(shí)已晚，沙漠就要完全消失，沙蟲(chóng)也失去了棲息地，沒(méi)有了沙蟲(chóng)，也就不會(huì)再有香料產(chǎn)出。雷托的破壞只能推遲這一天的到來(lái)。
雷托在沙漠里遇到父親保羅，帶著他回到迦科魯圖，在這里和哥尼會(huì)合，重建蓄水池，并且開(kāi)始囤積香料。等生態(tài)環(huán)境徹底發(fā)生變化以后，香料產(chǎn)量將會(huì)大幅下降，直至停止。到時(shí)候雷托就可以依靠囤積下來(lái)的香料統(tǒng)治帝國(guó)了。
厄莉婭派人去跟斯第爾格談判，趁機(jī)綁走了甘尼瑪。杰西卡也帶著他的好學(xué)生法拉肯，一名男性BG來(lái)到厄拉科斯要和甘尼瑪舉行訂婚儀式。
這時(shí)候傳教士又出現(xiàn)在外面的廣場(chǎng)上，揭露厄莉婭的罪行。結(jié)果引起騷亂，幾名厄莉婭的追隨者趁機(jī)殺死了傳教士，保羅的一生終于結(jié)束。
和保羅一起來(lái)的雷托解除了甘尼瑪?shù)淖晕掖呙�，憑借超能力制服了姑姑厄莉婭。大家想幫助厄莉婭恢復(fù)自己的意識(shí)，可惜沒(méi)能成功，厄莉婭自己從窗戶跳下去死掉了。杰西卡在同一天目睹自己的兒子和女兒雙雙死去。
雷托正式稱(chēng)帝，從此統(tǒng)治了帝國(guó)長(zhǎng)達(dá)四千年，被稱(chēng)為神帝雷托。法拉肯交出自己的軍隊(duì)，和甘尼瑪結(jié)了婚。《沙丘之子》到這里就結(jié)束了。
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