尊母帶著離散歸來(lái)的軍隊(duì)掃蕩了整個(gè)舊帝國(guó)的核心區(qū)域，幾百萬(wàn)顆星球都被他們攻占，屠殺這些星球上的姐妹會(huì)，戰(zhàn)火馬上就要燒到圣殿星球了。第六部《圣殿沙丘》開(kāi)始，歐德雷翟當(dāng)上了大圣母，她和什阿娜按照計(jì)劃正在將圣殿星球改造成新的沙丘。預(yù)感到熊熊戰(zhàn)火正在逼近，為了避免遭遇滅頂之災(zāi)，她們也開(kāi)始了自己的離散計(jì)劃。圣殿星球上的姐妹會(huì)選出一波又一波圣母，按照歐德雷翟的指示去往未知的宇宙深處。
鄧肯和默貝拉因?yàn)椴皇琴悮W娜的后代，會(huì)被尊母的預(yù)知能力發(fā)現(xiàn)，所以一直被關(guān)在帶他們來(lái)到圣殿星球的那艘無(wú)艦里，關(guān)在一起的還有最后一個(gè)特萊拉尊主斯凱特爾。特萊拉星也被尊母掃蕩，斯凱特爾是唯一幸存者，他身上有一個(gè)小小的儲(chǔ)存設(shè)備，藏著大量的特萊拉人的細(xì)胞，等待時(shí)機(jī)光復(fù)特萊拉。鄧肯和默貝拉雖然是靠各種陰謀詭計(jì)才走到一起的，但是兩人非常恩愛(ài)，一共生了四個(gè)孩子，后來(lái)都被姐妹會(huì)給帶走了。鄧肯慢慢也恢復(fù)了從最原始到后來(lái)每一代死靈鄧肯所有的記憶。
圣母盧西拉所在的星球也被攻占，只有盧西拉自己逃了出來(lái)，她通過(guò)姐妹會(huì)記憶分享的方法帶著所有圣母的記憶逃到了迦穆星。在這里遇到了一個(gè)猶太人女孩呂蓓卡，她也是一位野生BG。盧西拉又把7622014位圣母的記憶傳給呂蓓卡，然后呂蓓卡帶著她們?nèi)サ绞サ钚乔虬延洃浗贿�給了姐妹會(huì)。
盧西拉被尊母抓走之后，并沒(méi)有馬上被殺死。大尊母想從她身上獲得姐妹會(huì)對(duì)自身生化反應(yīng)的控制能力。有推測(cè)認(rèn)為他們之所以從離散的宇宙深處回到舊帝國(guó)，可能就是由于受到了使用生化武器的敵人的驅(qū)趕。盧西拉當(dāng)然不肯透露任何線索，被大尊母一腳踢死，尸體喂給混合人吃掉了。
混合人是一種半人半獸的種族，非常兇殘，但是沒(méi)什么智力，只能用少量的簡(jiǎn)單詞匯交流。尊母把抓到的混合人關(guān)進(jìn)籠子當(dāng)寵物。根據(jù)歐德雷翟的推斷，混合人應(yīng)該也是在離散區(qū)域用來(lái)驅(qū)趕尊母的武器之一。有一些離散區(qū)的混合人曾經(jīng)和姐妹會(huì)進(jìn)行了接觸，試圖和姐妹會(huì)結(jié)盟共同對(duì)付尊母。
歐德雷翟派接觸過(guò)混合人的圣母去跟尊母談判，謊稱姐妹會(huì)更愿意和遵母結(jié)盟，請(qǐng)求安排大尊母跟大圣母的會(huì)面。歐德雷翟打算用自己作為誘餌，趁機(jī)讓死靈特格展開(kāi)偷襲。
姐妹會(huì)不知道從什么地方搞到特格的基因，克隆出來(lái)死靈特格。為了恢復(fù)特格的記憶，讓他能夠擔(dān)任霸撒的角色，歐德雷翟讓鄧肯負(fù)責(zé)訓(xùn)練特格。當(dāng)年的學(xué)生反過(guò)來(lái)成為老師，老師則成了學(xué)生。鄧肯通過(guò)自己的經(jīng)驗(yàn)推測(cè)，啪啪啪就可以喚醒過(guò)去的記憶，完全不必像以前那樣大動(dòng)干戈。于是鄧肯說(shuō)服什阿娜和死靈特格啪啪啪，果然成功的恢復(fù)了特格的記憶。特格再次成為姐妹會(huì)的霸撒。與此同時(shí)，歐德雷翟親自訓(xùn)練前尊母默貝拉成為一名圣母，獲得了姐妹會(huì)的共同記憶。由于身份的轉(zhuǎn)變，鄧肯感受到他和默貝拉之間的愛(ài)的消失。這時(shí)鄧肯也出現(xiàn)了類似預(yù)見(jiàn)未來(lái)時(shí)出現(xiàn)的幻覺(jué)。他看到了一對(duì)年老的變臉者夫妻，并且推測(cè)是他們制造了混合人。
后來(lái)，歐德雷翟啟程去跟大尊母談判。尊母對(duì)她不是特別重視。歐德雷翟終于見(jiàn)到了大尊母，蜘蛛女王達(dá)瑪。
談判過(guò)程中，一個(gè)尊母勞格諾送來(lái)兩杯酒�？吹酱笞鹉负攘�，歐德雷翟也嘗了一口，發(fā)現(xiàn)只是是解除謝爾作用的藥。歐德雷翟借機(jī)嘲諷了大尊母的手段卑劣。大尊母很生氣，把勞格諾痛罵一頓，結(jié)果自己中毒死了，原來(lái)她的那一杯是毒酒。勞格諾成了新任大尊母。
這個(gè)時(shí)候特格按照計(jì)劃也已經(jīng)帶著軍隊(duì)殺了過(guò)來(lái)，結(jié)果勞格諾輕易的就投降了，很明顯這又是一個(gè)圈套。但是，你只能將計(jì)就計(jì)。
得到消息的默貝拉匆忙趕到，以尊母的身份混了進(jìn)來(lái)，聲稱自己成功從姐妹會(huì)那里騙到了各種密術(shù)。經(jīng)過(guò)驗(yàn)證，默貝拉被帶去見(jiàn)勞格諾。憑借同時(shí)掌握對(duì)尊母和圣母兩邊的戰(zhàn)斗技巧，默貝拉輕松戰(zhàn)勝勞格諾，當(dāng)上了大尊母。
歐德雷翟在混戰(zhàn)中受傷，在死前把記憶傳給默貝拉。默貝拉帶著特格和一部分尊母回到了圣殿星球。此時(shí)，默貝拉既是大圣母又是大尊母，在她的領(lǐng)導(dǎo)下兩股勢(shì)力開(kāi)始融合。
什阿娜對(duì)融合持懷疑態(tài)度，決定離開(kāi)圣殿去開(kāi)拓新的星球。她帶著特格、鄧肯、猶太女孩呂蓓卡、特萊拉尊主斯凱特爾還有一條小沙蟲(chóng)，乘坐無(wú)艦飛向茫茫宇宙�！妒サ钌城稹吩诖私Y(jié)束，沙丘六部曲也在看似沒(méi)有完結(jié)之處完結(jié)了。
小說(shuō)最后是作者弗蘭克·赫伯特給亡妻寫(xiě)的訃告，赫伯特也在《圣殿沙丘》出版一年之后去世。他的兒子布萊恩·赫伯特整理了弗蘭克·赫伯特的遺稿并與凱文·J·安德森合著了包括大結(jié)局在內(nèi)的多部拓展小說(shuō)，不提。
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